北宋期間的王安石變法，雖然在頒布后都產生了或大或小的弊端，但還是極大地促進了社會的發展，神宗時期國家收入進一步提高，一定程度上抑制了豪強地主的兼并勢力，并依靠軍事制度上的幾個行之有效的改革取得了如熙河開邊等軍事成就。

　　作為王安石變法的第二號人物，呂惠卿在變法革新中發揮了重要的作用。熙寧初年，呂惠卿任”制置三司條例司”的“檢祥文字”，“事無大小，安石必與惠卿謀之；凡所建請章奏，皆惠卿筆也。”熙寧初年間均輸法、青苗法、市易法、免役法等法令的頒布，他都有重要的參與。王安石曾說：“法之初行，議論紛紛，獨惠卿與布（曾布）終始不易，余人則一出焉一入焉爾！”

　　主管司農寺期間，“主行常平、農田水利、免役、保甲諸法”，工作出色，成績卓著，神宗皇帝贊曰：“呂惠卿言農行 ，事甚善，然尚未了五分，若司農，即天下事大定矣。”

　　呂惠卿主持國子監期間，積極建議學校挑選貢舉，選通經術、諳政事的人主判太學，以有學行藝術者為教授。與此同時，在全國各地設立學校。王安石接受他的意見，罷停制舉，整頓學校，從中央至地方，學官、教授全改由經過中書或國子監選擇之人充任。

　　他主管軍器監時，經一番整頓，裁定中外所獻槍刀樣式，規定槍刀質量標準， 又編制《弓箭》一書，供制造弓弩參照。自此，所制兵械精利，改善了宋軍的武器裝備，增強了抵御能力。?

　　在呂惠卿任職參知政事期間，繼續推動新法的進行，不僅廢罷了制科，還保證了市易法的繼續推行。兩次災荒（1073-1974年）期間，呂惠卿等變法派在汴京糶賣了數以萬計的糧食，穩定了京師居民的生活。尤其是在河北、江浙等為地區，利用貯的青苗錢米，募集受災農民興建水利和從事其他工役，度過災荒。

　　呂惠卿守邊時，推廣了置將法等新法，并改變了許多現象——“陜西緣邊漢蕃兵各自為軍，每戰則以蕃部為先鋒，而漢兵城守，伺便乃出戰。惠卿始合之為一，先搜補守兵而出其選以戰，隨屯置將，具條約上之。“呂惠卿守邊期間還在元豐八年（1085年）和紹圣三年（1096年）取得了兩次大的勝利。

　　平步青云

　　嘉佑二年（1057年），呂惠卿登進士，任真州推官。任期滿后進入京城，拜見王安石，與王安石討論經義時意見有許多相合的地方，二人因此訂交。

　　熙寧二年（1069年），設置“制置三司條例司”，以指導新法的施行，吸收了大批有志改革之士，并以王安石和陳升之總領其事。此時呂惠卿正任集賢殿校勘，編校集賢殿的書籍，王安石因和呂惠卿友好，因此向宋神宗進言推薦呂惠卿：“呂惠卿的賢能，豈止在當今之人中出類拔萃，即使是前世大儒也不是能輕易比得過的。學習先王的道理而能用于今世的，只有呂惠卿一人而已。呂惠卿因而被任命為檢祥文字，凡事不分大小王安石必定和他商議，凡是王安石所上涉及變法的奏章都出自呂惠卿的手筆。呂惠卿因此成為新黨核心，當時之人稱王安石為孔子，呂惠卿為顏淵。熙寧二年（1069年）九月，呂惠卿被提拔為太子中允、崇政殿說書、集賢校理、判司農寺。

　　新舊黨爭

　　同年十月，司馬光入宮奏對，宋神宗向他詢問對群臣的意見，至呂惠卿時，司馬光上諫說：“呂惠卿此人邪佞不是良士，都是因為他的作為才讓王安石招致朝野的誹謗。王安石賢良卻固執，又不諳世務，呂惠卿謀劃變法的方略，并通過王安石極力推行，因此讓天下人認為王安石也是奸臣。近來官吏的提拔又不按次序進行，致使眾臣工非常不滿。”神宗說：“呂惠卿進獻對策條理明晰，確實像是美材。”司馬光答曰：“呂惠卿確實文采出眾，思辨明慧，但是用心不正，但愿陛下能慢慢考察他，江充和李訓這一類人如果沒有才能，如何能打動人主？”宋神宗默然不語。

　　司馬光又給王安石寫信說：“呂惠卿是掐媚阿諛之人，對您現在而言確實有順從合意之感，一旦您失勢，必定將出賣您以換取利益。”王安石為此言感到不悅。

　　拜為副相

　　熙寧三年（1070年）九月，呂惠卿因為他父親離世而去職，守孝結束后，他又被任命為天章閣侍講、同修起居注，后又升為知制誥，判國子監。熙寧六年（1073年）四月，設置經義局，負責編撰《詩》、《書》、《周禮》三書的經義，王安石為提舉，呂惠卿和王安石之子王雱一同修撰《三經新義》。呂惠卿后又被任命為知諫院，翰林學士。

　　熙寧七年（1074年）四月，以鄭俠向神宗進獻災民圖為導火索，在朝野的非議乃至慈圣和宣仁兩宮太后的壓力下，王安石請求離任。惠卿指使他的黨羽變換姓名，每日投匭上書挽留王安石。王安石力薦韓絳為相以代其位并以呂惠卿為參知政事輔佐韓絳，呂惠卿害怕安石離任后，新法必定動搖，于是遍發書信給各監司、郡守，讓他們上書陳述利害向皇帝施壓，然后從容地請求皇帝下詔，表明始終不因官吏違法而廢除新法。因此，王安石新法得到更堅決地推行。

　　初掌大權

　　熙寧七年（1074年）五月，為在皇帝身邊施加影響力，盡管其弟弟館閣校勘呂升卿不學無術，呂惠卿卻依舊推薦他和國子監直講沈季長一同為崇政殿說書，每每進宮侍講，呂升卿總是舍棄經義不談而論錢財貨物，神宗有時問之以經義，呂升卿不能應對，便立刻示意沈季長從旁代為回答。

　　同在五月，廢罷制科，王安石執政時考進士已不考詩賦，王安石認為進士所考與制科無異，不必有制科之試，到呂惠卿執政時，再次提出制科只有記誦，卻不深究經義，于是宋神宗下詔廢罷制科。但是當時的馮京卻極力反對這項決定，雖未成功，卻因此與呂惠卿結下怨恨。

　　六月，鄭俠上書說呂惠卿結黨為奸，堵塞言路，認為他是還未除盡的奸人。呂惠卿大怒并命中丞鄧綰、知制誥鄧潤甫懲治他，鄭俠被謫放至汀州。

　　七月，呂惠卿又采用弟弟曲陽縣尉呂和卿的計謀，制定五等丁產簿，讓百姓自報家財，連一兩只家中禽畜都不許遺漏。還允許他人告發隱瞞家產者，用被告者財產的三分之一充賞告發的人，百姓不勝其困。又靠保甲正長發放青苗錢，還讓保甲內的人一同前往官府認領，不得遺漏一人，以至于上下騷動。

　　朝爭失敗

　　熙寧八年（1075年），利用鄭俠一案，呂惠卿又乘機構陷曾阻撓自己廢罷制科的馮京和當面侮辱過他的王安國，讓他們都因此事而獲罪。

　　王安石也因王安國的原因開始和呂惠卿產生矛盾。呂惠卿卻早在掌權后便擔心王安石回朝威脅自己權位而開始采取種種辦法陷害王安石，熙寧七年（1075年）十一月，呂惠卿援引祭祀赦免的舊例，薦王安石為節度使。剛遞上奏章，皇帝便知道了他的想法，立刻問他：“安石不是因罪去官，為何要用赦免的方式復官。”呂惠卿無言以對。

　　熙寧八年（1075年）二月，因同平章事韓絳不能制住呂惠卿，因此秘密請皇帝重新啟用王安石，神宗同意，次日便派遣使者去下詔召回王安石，安石不推辭，加緊趕路，七日便到了京師，呂惠卿知曉王安石回朝后感到非常愕然。

　　六月，加王安石之子王雱為龍圖閣直學士，王雱推辭這道任命，而呂惠卿卻力勸神宗應允了他的辭呈，于是王、呂二人的矛盾再次加深。

　　十月，呂惠卿的弟弟崇政殿說書呂升卿因罪事而被遣出京師改任江南西路轉運副使。不久，御史蔡承禧又論他結黨誤國等數件罪惡，御史中丞鄧綰又告發他的兄弟強借華亭縣富民錢五百萬與知縣張若濟買田地一同作惡，并將這兩人一同下獄審問。不久后便下詔讓呂惠卿出京知陳州，不久后又改知延州。

　　輾轉邊州

　　元豐二年（1079年）三月，呂惠卿正任鄜延路經略使，當時陜西沿邊漢蕃兵各自為軍，每有戰役就由蕃軍做前鋒，漢兵守城，而不以戰場形勢分兵，而且每一路都由數位將領一起率領。他認為這種制度造成了調發兵力不能迅速集結，于作戰不利，于是改變舊法，混編漢蕃軍，推廣置將法，每五千人設置軍屯還設一將領，并把這些都立在條約上。

　　不久，呂惠卿母親去世，詔令在他的本俸外特加錢財五萬緡，呂惠卿又申請增加開支一萬五千緡，御史因此舉而彈劾他貪婪，皇帝說：“呂惠卿固然貪婪，但他曾為參知政事，治他的罪有傷體面，姑且責其不義便可。”但即使只是罰去了他的俸祿，呂惠卿還依舊自辯。御史又彈劾他正服喪而不應有言論，皇帝卻下詔不必責問他。

　　元豐五年（1082年），呂惠卿母喪后被加官為大學士、知太原府。入宮覲見時，神宗仍命他鎮守鄜延路。呂惠卿卻道：“陜西之師，不僅不能進攻，亦不能防守，主要依靠形勢如何發展。”皇帝說：“如你所言，意為陜西可以放棄，怎能委你守邊？”又列舉他種種淺薄暴躁欺蒙之罪，斥退他知單州，明年又知太原。

　　元豐八年（1085年）三年，宋神宗駕崩，宋哲宗即位，下詔告誡守邊官員勿挑起邊釁。四月，知太原府呂惠卿卻派步、騎二萬人在聚星泊襲擊夏人， 首六百級，造成西夏人入侵鄜延路。?

　　舊黨打壓

　　哲宗即位后，保守黨逐漸把持朝政，呂惠卿作為新法中的先驅，自知不被容于朝堂，于是懇求任官于外郡。元祐元年（1086年）五月右司諫蘇轍上奏彈劾他，說他有妄圖株連公卿、背叛恩師王安石、施行青苗等種種惡政數樁罪狀。御史中丞劉摯又列舉他五條罪狀，認為他是大惡之人，于是呂惠卿由資政殿大學士、正議大夫、提舉嵩山崇福宮被貶為中散大夫、光祿卿、分司南京。

　　呂惠卿被判貶至南京后，不到十日，王巖叟、朱光庭、王覿、蘇轍等人又認為他被貶至南京不足以彰顯他的罪惡，降四官并分司南京只是輕懲，而呂惠卿此人應用重典，不能用正常的法制來懲治他。于是呂惠卿又被加罪貶為建寧軍節度副使，而且不得辦理所任官的公事。

　　紹圣復官

　　紹圣元年（1094年）八月，高太后去世后，哲宗親政，又開始啟用原先被棄置的新黨。八月，三省呈遞上了呂惠卿、王中正、宋用臣三人的無罪狀，時任宰相章惇說：“呂惠卿被懲極其無名。”皇帝便讓呂惠卿復原職。十月，又以呂惠卿知大名府。”

　　紹圣二年（1095年）二月，呂惠卿乞求留在京師。皇帝認為得資政殿大學士已是要員，且大名府也是要地，又問宰相章惇呂惠卿是否啟程。曾布、韓忠彥都說君子進退自如，呂惠卿乞留是無恥之舉。哲宗也僅置之一笑。十一月，呂惠卿入宮奏對后，皇帝后對曾布說：“呂惠卿極其兇橫，其弟呂升卿也是。”

　　紹圣三年（1096年）十月，西夏大舉入侵鄜延路，即將以全軍圍困延安，惠卿修繕米脂諸寨迎敵。西夏軍至延州，想進攻卻無法靠近城寨，想搶掠則一無所得，想叫陣則諸將按兵不動，想南下則怕腹背受敵。停了兩天夏軍就拔營而去，趁機攻陷了金明，呂惠卿將金明被攻陷之事上報樞密院卻無回應。

　　戰事剛剛結束，呂惠卿便上表請求進京奏事，章惇對曾布說：“戰事剛剛結束，呂惠卿真可謂不知緩急。”李清臣說：“他或許有借此事重回朝堂之意，我輩危矣。”十一月，進呈呂惠卿的奏章，哲宗問惠卿為何道理可以還朝，眾人皆答曰不可，于是皇帝下詔讓惠卿不必進京，有事條陳即可。

　　因修筑了威戎、威羌二城而升為銀青光祿大夫，呂惠卿又被拜為保寧、武勝兩軍節度使。

　　晚年起落

　　宋徽宗即位后，調呂惠卿節度鎮南。因曾布與他有宿怨，他又被遷到杭州為官，而用范純粹守延州，并追究他冒領邊功之事，又被奪去節度之職。曾布罷相，他被起復為武昌節度使，知大名府。幾年后，又因上表中措辭失當而降官為銀青光祿大夫，令其辭官。

　　崇寧五年（1106年），起用他為觀文殿學士、知杭州。其子呂淵因為聽到妖人張懷素的話卻不揭發而獲罪，呂淵發配沙門島，呂惠卿則被追責為祁州團練副使，宣州安置，又轉到廬州。后來又被恢復為觀文殿學士，任醴泉觀使，從此任上致仕。 后，追贈為開府儀同三司。后追謚“文敏”。

　　因之前呂惠卿是依靠王安石的信任一路走到副宰相之位，而王安石離任后卻又極力打擊王安石，甚至拿出和安石的私信來詆毀他，王安石退處金陵后，也深悔錯信了呂惠卿。所以后來無論是章惇、曾布、蔡京中的誰當政，都會因為厭惡害怕其品性而不敢引其入朝，于是他一直在朝外輾轉為官至去世。